هدف از تشکیل دوره کارشناسی مهندسی منابع طبیعی شیلات، تربیت متخصصانی در شاخه های مختلف علوم شیلاتی است. با توجه به رشد روز افزون جمعیت و منابع محدود غذایی حاصل از منابع طبیعی، صنعت آبزی پروری به عنوان یکی از صنایع مهم تولید غذا در قرن اخیر مورد توجه قرار گرفته است. اهمیت تولید غذا و مقوله های مربوط به بحث امنیت غذایی و محصولات ارگانیک نگاه های ویژه ای را به سمت این صنعت به عنوان یکی از راهبردهای پدافند غیرعامل معطوف نموده است. تولید آبزیان پرورشی همچون ماهی (گرمابی، سردآبی و خنک آبی)، سخت پوستان (میگو، شاه میگو، لابستر)، نرم-تنان (صدف های خوراکی) و خزندگان (تمساح) از دیدگاه صنعتی و ماهیان زینتی (از دیدگاه تفریحی) از یک طرف و تولید فرآورده هایی با ویژگی های غذایی و غذا- دارویی و حتی آرایشی (حاصل از جلبک های تک سلولی) به رشته شیلات و فعالیت در این ارتباط جاذبه فراوانی بخشیده است. پرورش آبزیان در سیستم های پرورشی با طراحی های ویژه (باز، نیمه بسته و مدار بسته) امکان پذیر است. گرایش بوم شناسی آبزیان و مقوله های مربوط به بررسی رفتار آبزی به مقوله های علم بوم شناسی حفاظتی به حفظ بانک ژنی موجود می پردازد. دانش‌آموختگان مقطع کارشناسی رشته شیلات قادر به ادامه تحصیل در چهار گرایش تکثیر و پرورش آبزیان، بوم شناسی آبزیان شیلاتی، فرآوری محصولات شیلاتی و صید و بهره برداری آبزیان در مقاطع بالاتر می باشند. پذیرش دانشجو در این رشته از مهر ماه 1391  آغاز شده است.