دانشکده منابع طبیعی و محیط زیست دانشگاه فردوسی مشهد در بهمن‌ماه ۱۳۸۳ با تصویب شورای گسترش آموزش عالی تاسیس شد؛ تصمیمی که بر پایه ضرورت وجود تنوع زیستی خیره‌کننده و منابع طبیعی گسترده در شمال‌شرق ایران گرفته شد. در مهرماه سال بعد (۱۳۸۴) این دانشکده رسماً فعالیت آموزشی خود را با پذیرش ۶۵ دانشجو در دو رشته از مجموعه مهندسی منابع طبیعی — محیط زیست و مرتع و آبخیزداری — آغاز کرد.

با گذر زمان، دامنه رشته‌ها و گرایش‌ها گسترش یافت: از جمله از سال تحصیلی ۱۳۸۶ رشته مدیریت مناطق خشک و بیابانی، و سپس در سال تحصیلی ۱۳۹۱ رشته شیلات.  نیز رشته «مهندسی طبیعت» بعد از بازنگری در عناوین رشته‌ها از سال ۱۳۹۶ وارد دانشکده شد.  در مقاطع تحصیلات تکمیلی نیز رشته‌های کارشناسی ارشد مدیریت مرتع، آبخیزداری، مدیریت مناطق بیابانی و محیط زیست و دکتری احیا اکوسیستم و آبخیزداری فعال‌اند.

چشم‌انداز دانشکده فراتر از آموزش صرف است: تحقیق کاربردی، ارتباط مؤثر با جامعه و بخش‌های اجرایی، و ایجاد زمینه برای دوره‌های دکتری در رشته‌های منابع طبیعی و محیط زیست از اولویت‌های برنامه توسعه بلندمدت آن است.

نکات برجسته برای دانشجویان:

 ترکیب آموزش کاربردی با آزمایشگاه‌ها و کارگاه‌های متنوع (آب و خاک، آبزیان، گیاه‌شناسی، ژئومورفولوژی، کارگاه GIS و RS؛ توسعه روستایی و مدیریتی) که فرصت کار عملی و پژوهش دارد.

 امکان فعالیت در پروژه‌های اجرایی و ارتباط با سازمان‌های منابع طبیعی و محیط زیست در استان و کشور، بهره‌مندی از موقعیت محیط‌زیستی شمال‌شرق ایران که تنوع اکولوژیکی و چالش‌های خاص خود را دارد.